Sa création littéraire est d’abord marquée par deux romans, Des petits garçons (P.O.L, 1993) et Un gâchis (Verdier, 1997). Il se lance ensuite dans l’écriture théâtrale: Badier Grégoire (1998), Une ombre (2000), Souterrains (2001), publiés chez Théâtre Ouvert, Indigents (2001), Pas bouger suivi de Qui va là ? (2002), C’était mieux avant (2004), Flexible, hop hop ! suivi de Être humain (2005), Le Mardi à Monoprix suivi de Auteurs vivants (2009), Aujourd’hui Martine (2010) et Rouge suivi de Monsieur le (2015), parus chez Actes Sud-Papiers. Le Mardi à Monoprix , avec Jean-Claude Dreyfus dans le rôle principal, a été nommé deux années consécutives au prix Molière de l'auteur francophone vivant. Son style abonde en images poétiques. Engagé et sensible aux douleurs du monde, proche des exclus, il était discret, prêt à défendre les migrants et les laissés pour compte.
Il obtient le prix littéraire Charles Bisset en 2003 pour son roman Un des malheurs paru chez Verdier en 2003. Actes Sud publie en 2007 dans le domaine français son roman Le Bonheur qui sera mis en scène par Andrés Lima au Théâtre du Vieux-Colombier par la Comédie française.
Il a aussi été auteur associé de la compagnie Labyrinthes, dirigée par Jean-Marc Bourg. Pour le jeune public, il a écrit Plus d’école et Là-haut la lune (École des loisirs, 2002 et 2003), Les Cinq doigts de la main (2006) et Mon ami le banc en mai 2015 chez Actes Sud-Papiers, dans la collection “Heyoka Jeunesse”.
Emmanuel Darley a également animé des ateliers d'écriture et participé à des projets avec le photographe Jean-Claude Martinez.