Né à Paris en 1926, Alexandre Matheron consacre dès 1949 son diplôme d'études supérieures à la politique chez le philosophe néerlandais Spinoza. Il obtient l'agrégation de philosophie en 1956 et part enseigner à l'université d'Alger l'année suivante. Là, il décide de consacrer ses thèses de doctorat à Spinoza. Il rentre à Paris, en 1963, pour intégrer le CNRS afin de poursuivre ses recherches doctorales, avant d'enseigner à l'université de Nanterre et à l'Ecole normale supérieure de Saint-Cloud.
Sa thèse majeure est publiée chez Minuit, en 1968, sous le titre Individu et communauté chez Spinoza. Alexandre Matheron y analyse l'architecture de chaque ouvrage du philosophe néerlandais et découvre une théorie générale de l'individualité et des relations inter-humaines. "Fondée sur une lecture des moindres détails des textes, la méthode de Matheron ne consiste pas à rédiger un commentaire historique ou philosophique, mais plutôt à élaborer une véritable reconstruction, rationnelle et démonstrative, parfois surprenante, de la cohérence de l’ensemble à partir d’une difficulté jusque-là non résolue", précise Le Monde.
A partir des années 1970, il participe à la rédaction ou préface des ouvrages consacrés à Spinoza, comme Œuvres, vol. 5: Tractatus politicus (Puf, 2005) ou L'anomalie sauvage: puissance et pouvoir chez Spinoza d'Antonio Negri (Amsterdam, 2007). Son dernier ouvrage, Etudes sur Spinoza et les philosophies de l'âge classique, a été publié chez Vrin en 1985 et réédité par ENS Editions en 2011.