Présente en Suisse depuis 2000, la Fnac a implanté son sixième magasin dans une surface de vente de 1200m² situé dans le centre commercial La Maladière, à proximité du nouveau Musée d'art et d'histoire de Neuchâtel. Selon un communiqué, l’enseigne emploiera une "trentaine de collaborateurs principalement recrutés dans le canton", où résident environ 130000 habitants.
 
Si l’ouverture du distributeur de biens culturels était attendue par certains amateurs de livres et de multimédia, les libraires ne voient pas l’arrivée de la Fnac d’un très bon œil. C’est notamment le cas de la librairie Mot de passe, située dans le même centre commercial, dont la gérante, Florence Bourdin, a déposé un recours auprès du Tribunal fédéral en octobre. Elle évoque une clause de non-concurrence inscrite dans son bail, menacée par l’ouverture du magasin.
 
La Fnac poursuit son expansion physique en Suisse après deux implantations à Genève en 2000 et 2001, puis à Lausanne (2002), Fribourg (2003) et à Conthey (2015), près de Sion. Elle a cependant dû fermer son magasin à Bâle en 2009 et le projet zurichois reste dans les cartons.

Parallèlement, l’enseigne continue son déploiement dans la Confédération helvétique avec l’ouverture de son site internet marchand local, Fnac.ch. Le groupe revendique 200000 adhérents en Suisse.